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樊龙江团队在Nature Plants上发表文章分析了基因组测序技术和组装算法的演变并搭建了N3数据库

编辑: 时间:2024-03-21 访问次数:10

近日,浙江大学樊龙江教授课题组在国际知名期刊 Nature Plants 发表了题为“Technology-enabled great leap in deciphering plant genomes” 的综述文章(https://www.nature.com/articles/s41477-024-01655-6).

该文章系统收集并分析了自2000年(第一个植物基因组发表)以来测序组装完成的高质量植物基因组,合计包括来自1,575个物种的3,517个基因组。这些测序完成的基因组中,2/3的基因组(2,373个)和1/2的植物物种(793个)是在最近三年(2021-2023)完成的,相比于前20年(2000-2020)呈现出了一个巨大飞跃。该文章系统分析了完成这些基因组的测序技术和组装算法及其变迁。测序和拼接技术的进步推进了近期植物基因组学研究的快速发展。为了更全面地展示测序物种信息,并提供有关测序技术和组装算法应用情况,他们搭建了N3数据库N3: plants, genomes, technologies)(http://ibi.zju.edu.cn/N3database/,提供了现有3,517个植物基因组的详细信息,包括测序平台、组装质量、组装工具、可用基因组及其注释文件的下载链接等。该数据库为植物基因组学研究提供了重要资源和支撑。

博士生谢玲娟、硕士生龚晓娇为论文共同第一作者,樊龙江教授为通讯作者。澳大利亚CSIRO朱乾浩研究员参与了该研究。项目研究得到了浙江省科技厅和海南省科技厅的支持。