植物病理学科创建于上世纪20年代末，是国内最早建立的植物病理学科之一，著名植物病理学家陈鸿逵教授是学科奠基人。其后，国内大批知名学者先后在本学科学习和工作，建立了植物病原学、植物-病原互作、分子植物病理和植物病害防治学等分支学科，在国内外产生了重要影响。植物病理学科依托于浙江大学生物技术研究所和水稻生物学国家重点实验室进行建设，1981年获硕士学位授权点，1990年获博士学位授权点，现为国家重点学科、教育部长江学者特聘教授设岗学科点。所在一级学科植物保护学于1998年成为博士授权点，2007年成为首批一级学科国家重点学科。

植物病理学科现有博士生导师19名（包括3名兼职博导），硕士生导师28名。拥有教育部长江特聘教授1人、国家杰出青年基金获得者3人，国家百千万人才工程人才1人，中组部“万人计划”中青年科技创新领军人才1人，国家优青2人，教育部新世纪优秀人才4人，现代农业产业技术体系岗位科学家4人；拥有1个教育部长江特聘教授及其创新团队和2个农业部农业科研杰出人才及其创新团队。本学科在队伍建设、科学研究、人才培养和社会服务等方面做出突出成绩，近五年获得国家自然科学奖二等奖和国家科学技术进步奖二等奖各1项、教育部自然科学奖一等奖和教育部科学技术进步奖一等奖各1项、省部级二等奖3项。本学科培养的优秀毕业生不断涌现，如陈剑平、何胜洋先后成为中国工程院院士和美国科学院院士，戚益军、傅向东、陶小荣等一批优秀毕业生成为行业杰出人才。