学院坚持“四个面向”，紧紧围绕国家中长期发展战略和区域重大需求，按照“自主创新，重点跨越，支撑发展，引领未来”的方针，扎实推进科研战略迭代升级，努力实现“总量、内涵、声誉”协同发展。

1999年1月-2023年12月，科研总经费累计达30.22亿元。承担千万元级科研项目42项，其中担任首席科学家主持“973”计划项目3项、重大科学研究计划项目1项，主持国家重点研发计划项目7项，国家重大科技专项10项，科技支撑计划项目4项，农业部公益性行业科研专项6项。获国家自然科学基金资助项目920项，其中重点项目、重点国际合作项目、区创基金重点支持项目40项，国家杰出青年科学基金11项，优秀青年科学基金项目11项。以第一完成单位获省部级以上奖项115项，其中获国家自然科学二等奖2项，国家科技进步二等奖3项，省部级一等奖35项，此外还参与获得国家奖9项。以第一单位获主要农作物品种国家审定11个、省级审定57个，非主要农作物品种国家登记24个、省级审（认）定22个，植物新品种权17个，农业部农药认证1个；获授权国际发明专利17项，国家发明专利913项，实用新型专利69项；制订国家标准4项，行业标准5项，省级地方标准11项。以第一单位发表SCI、SSCI、EI收录论文6000余篇，其中在Science、Nature、Cell上各发表论文1篇，在Nature Genetics 上发表论文2篇，在Nature Microbiology、Nature Plants、Nature Food、Nature Communications、PNAS、Plant Cell等高水平期刊上发表论文多篇。

 学院建有全国重点实验室（共建）1个、国家地方联合工程研究中心1个、农业农村部重点实验室4个、浙江省全省重点实验室3个、浙江省工程研究中心3个、科技部国际科技合作基地1个、高等学校学科创新引智计划基地2个、浙江省国际科技合作基地3个；拥有国家自然科学基金委创新研究群体1个、教育部长江学者和创新团队发展计划3个、科技部创新人才推进计划重点领域创新团队1个、农业农村部科研杰出人才及其创新团队5个、浙江省重点科技创新团队5个、浙江省领军型创新创业团队1个。（数据截止2023年12月31日）