学院科研规模不断扩大,竞争实力不断提高,重大项目数不断增加。自1999年建院至今,累计科研总经费17.63
亿元。19992016年,承担千万级科研项目26项,其中担任首席科学家主持“973”计划项目3项,国家重点研发计划项目1项,重大科学研究计划项目1项,科技支撑计划项目4项,主持转基因生物新品种培育重大专项11项,农业部公益性行业科研专项6项。获国家自然科学基金资助项目571项,其中国家基金委创新研究群体1项,重点项目22项,国家杰出青年科学基金8项,优秀青年科学基金4项,海外(港澳)青年学者合作基金8项。以第一完成单位获省部级以上奖项97项,其中获国家自然科学二等奖2项,国家科技进步二等奖2项,省部级一等奖21项,另外还参与获得国家奖6项。以第一单位获国家新品种审定2个,省级新品种审(认)定49个,植物新品种权7,农业部农药认证1个。获得国家行业标准2项,浙江省及地方标准10项。建院以来,授权国际专利2项,国家发明专利456项,实用新型专利54项。发表SCI收录论文3000余篇,出版著作200多本,其中Science上以第一完成单位发表论文1篇、合作发表论文3篇,在Nature上以第一完成单位和共同第一作者分别发表论文2篇,在Nature Genetics上以第一完成单位发表论文1篇,Ecology LettersMolecular CellJournal of Allergy and Clinical ImmunologyAnnual Review of EntomologyAnnual Review of PhytopathologyPlant CellPNASeLifePLoS PathogensCell ResearchTrends in Plant Science、The ISME Journal等高水平期刊上发表论文多篇。