植物保护系设有：生物技术研究所、昆虫科学研究所、农药与环境毒理研究所。

生物技术研究所
   浙江大学生物技术研究所成立于1988年，2002年浙江大学生物技术研究所与原浙江大学植物病害与生物防治研究所合并成立了新浙江大学生物技术研究所。李德葆教授为本所的创始人。

   生物技术研究所包含植物病理学和生物化学与分子生物学两个二级学科。植物病理学创建于上世纪20年代末，1936年国立浙江大学病虫害系成立，设植物病理组，是国内最早建立的植物病理学科之一，著名植物病理学家陈鸿逵教授是学科奠基人。其后，国内大批知名学者先后在本学科工作，建立了真菌学、植物病毒学、植物病害防治学等分支学科，使学科成为国内有影响的植物病理学学科……

昆虫科学研究所
   昆虫的种类超过地球上其它生物种类的总和，其数量占动物总数的四分之三以上。在昆虫中，有少数种类危害农作物、储藏物和建筑物，或传播人畜疾病；而绝大多数种类是为人类创造大量财富的益虫，如天敌昆虫、授粉昆虫以及可作为工业原料、医药和食品的资源昆虫等。此外，昆虫也是极为重要的科学实验动物。因此，昆虫与人类的生存和发展关系十分密切。发展农业昆虫与害虫防治学科，科学治理有害昆虫的发生与为害，充分发掘、利用和保护有益昆虫资源，对于保证食物安全和人体健康，促进农业和社会的持续发展，都是十分重要的……

农药与环境毒理研究所
   农药与环境毒理研究所成立于1953年，一直从事农药残留检测、环境毒理、农药合成与制剂加工、污染控制和治理等方面相关研究。1973年受农业部委托开始主持全国农药残留协作组工作，为国家第一批农药安全使用标准的制定提供了大量科学依据。1980年起承担了“六五”国家科委重点攻关项目，通过在浙江省建立农药生态毒理试验基地，对六六六、呋喃丹、甲胺磷、叶青双等稻田主要农药品种的系统研究，为科学评价农药残留行为及其毒性对农业生态环境、农产品安全及人体健康的影响进行了探索与实践，成为国内农药学研究方面著名的学术研究单位之一……