1 水稻病害检测、可持续控制与抗病性分子机理

（1）水稻病原检测技术以及功能基因组学载体构建

  水稻重要病原物的免疫学及分子检测技术、病原物致病分子机理、基于植物病毒的基因沉默载体的改造与应用、抗病基因工程。

（2）水稻抗病性的分子机制与信号传导

  水稻抗病防卫反应中分裂源激活蛋白激酶与转录因子的作用、诱导抗病性的关键基因与功能分析、诱导抗病性信号途径突变体筛选与基因克隆。

（3）水稻有害微生物的可持续控制

  水稻有害微生物的风险评估与风险管理（植物检疫）、拮抗微生物的遗传多样性及其利用、拮抗微生物的生态学及防病分子机理。

2 水稻与昆虫相互作用和水稻抗虫性

（1）外来入侵生物和转基因植物的安全评价与防范

  水稻危险害虫稻水象甲入侵生物种群形成与扩张的生态机制、转基因水稻环境安全性评价、Bt基因毒蛋白在水稻－害虫－天敌间传递规律、转Bt基因抗虫水稻对非靶标生物影响。

（2）水稻害虫逆境生物学与抗药性治理

  水稻重要害虫的抗药性及其发展动态、抗药性形成机理、抗药性治理策略。

（3）水稻抗虫性及其机理

  水稻抗螟虫QTL及其遗传效应、姜烯对水稻与二化螟互作的调控及其合成酶基因、水稻害虫选择和识别寄主的机理、植物-害虫-天敌化学通信与协同进化、抗虫反应信号途径及其相关基因的分离克隆与功能分析。

3 水稻诱变与分子遗传

  功能性与环境友好型水稻资源的创新与利用、耐逆性与省工节本型水稻资源的创新与利用、农作物设计育种平台、主要杂交作物简易纯度检测与高效排假技术、Bt转基因水稻生物安全性评价与育种利用、突变体库构建及突变基因功能组学研究。