2006年度我所国家自然科学基金项目批准情况形式喜人，项目批准数和批准经费数再创新高。我所共批准基金项目9项，批准经费240万元。 这些项目为：

我国双生病毒伴随的DNA1分子的变异及其功能研究（谢艳，35万）；

与致病性相关的稻瘟病菌细胞自噬基因ATG1与ATG5生物学功能研究（林福呈，33万）；

水稻细菌性谷枯病菌检测技术研究（谢关林，30万）；

稻瘟病菌G-gamma亚基在营养生长/形态分化和致病性中的调节作用（王政逸，30万）；

稻瘟病菌温度敏感型萌发相关基因的克隆和功能分析（王洪凯，30万）；

中国蕃茄黄化曲叶病毒及其卫星DNAβ编码的RNA沉默抑制子的作用机理研究（吴建祥，25万）；

我国中北亚热带植物内生菌资源与多样性研究（章初龙，25万）；

通过基因沉默鉴定番茄与叶霉菌互作下游信号传导途径的重要基因及其功能分析（蔡新忠，24万）；

林业有害生物一品红细菌性叶斑病菌的生物学特性与遗传变异规律研究（李斌，8万）。