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低成本、快速高效的瞬时ChIP-seq技术助力植物全基因组DNA结合位点检测

近期浙江大学园林所优秀校友王冠群博士在国际知名杂志Trends in plant science 发表了技术性综述论文“Transient ChIP-Seq for Genome-wide In Vivo DNA Binding Landscape”。该综述简要地介绍了瞬时ChIP-seq技术在植物科学研究中的应用,以及该技术的应用前景、优势和挑战。

染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)是确定全基因组转录因子结合位点的一条黄金标准,并被广泛应用在生命科学基础研究领域,尤其是动物研究。但是,ChIP-seq在植物中的应用仍然较少,这是因为ChIP-seq需要目标转录因子的特异抗体或需要表达标签蛋白的转基因植株,而特异抗体或转基因植株的产生在植物研究中具有很大的挑战,主要体现在制备抗体周期长、失败率高;转基因材料生长周期长、成本高。因此该技术在多种植物中的应用受到了极大的限制。

目前,基于在模式植物原生质体中瞬时表达带标签转录因子的ChIP-seq技术,是一种低成本且省时省力的在全基因组范围内鉴定转录因子结合位点的有效方法。另外,瞬时ChIP-seq结合DNA亲和纯化测序(DAP-seq)可以排除由于转录因子互作蛋白造成的间接结合,从而获得准确的转录因子结合位点。该技术体系可以推广应用到多种植物中,比如园艺植物和观赏园艺植物。

原文链接:

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1360138520303794

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