2021年11月18日，国际权威期刊Nucleic Acids Research（中科院JCR期刊1区，五年影响因子为15.542，）在线发表了农学院李飞教授团队题为“InsectBase 2.0: a comprehensive gene resource for insects”的研究论文。该研究通过广泛收集与分析昆虫基因数据，构建起目前昆虫学领域最为广泛、全面、标准化的数据平台，为昆虫学各领域研究提供了宝贵资源。
昆虫作为世界上多样性最为丰富的物种，约占物种总数的85%以上。随着高通量测序技术的迅速发展，产生了大量的昆虫基因组数据。这些数据散乱分布在不同数据库中，缺乏统一格式标准以及深度信息挖掘，极大阻碍了昆虫学基因数据的充分利用与标准化分析。
本研究共搜集了昆虫纲20个目中815种昆虫的基因组、25805个转录组以及1674个小RNA文库数据。基于这些数据，通过标准化流程注释了482个昆虫基因组，最终获得了超过1500万条蛋白编码基因、11万条miRNA以及129万条lncRNA。除此之外，本研究通过进一步分析，预测了miRNA靶标基因、lncRNA partner基因，注释了164个常见昆虫基因家族、419个KEGG通路以及预测了21万个潜在的水平转移（HGT）基因，提供了更多数量、更高质量以及更多层次的昆虫基因数据。
通过汇总和整理以上数据，构建起InsectBase 2.0昆虫综合基因数据库，共包含Organism，Chromosome，Genome，Transcriptome，Gene，Gene family，HGT gene，KEGG pathway，Insect virus，Tools，Links和Service共11个模块。网站提供了物种信息查询、不同类型基因、病毒数据的搜索与下载功能。除此之外，InsectBase 2.0集成了BLAST，JBrowse2工具，提供了七百余种物种的基因BLAST与基因组浏览器功能。同时基于MCScanX共线性分析，提供了155个染色体级别基因组之间的共线性可视化分析，为昆虫染色体进化提供了有力的工具。
本论文第一作者为浙江大学昆虫所博士生梅洋，通讯作者为浙江大学李飞教授。浙江大学昆虫所研究生荆冬、汤沈杨与陈曦等参与了本项目的研究。本研究得到了国家自然科学基金、国家高技术研究发展计划、浙江省自然科学基金等项目资助。
数据库网址：http://v2.insect-genome.com/
文章链接：https://academic.oup.com/nar/advance-article-abstract/doi/10.1093/nar/gkab1090/6430839
